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标题: [原创代码] python正则提取分子信息sdf文件内容.py [打印本页]

作者: codegay    时间: 2016-2-25 08:55     标题: python正则提取分子信息sdf文件内容.py

python正则提取分子信息sdf文件内容.py
  1. """
  2. python正则提取分子信息sdf文件内容.py
  3. http://www.oschina.net/question/2650430_2152434
  4. 2016年2月25日 04:17:05 codegay
  5. python 3.4
  6. """
  7. import sys
  8. import re
  9. print(sys.argv)
  10. if len(sys.argv)>=4:   
  11.     sdffile=sys.argv[1]
  12.     inputfile=sys.argv[2]
  13.     result=sys.argv[3]
  14. elif len(sys.argv)==1:
  15.     sdffile="exemple.sdf"
  16.     inputfile="exemple_data.csv"
  17.     result="result.txt"
  18.    
  19. sdf=open(sdffile).read()
  20. #print(sdf)
  21. inlist=[r.strip("\n") for r in open(inputfile).readlines()]
  22. #print(inlist)
  23. with open(result,"a+") as f:
  24.     for i in inlist:
  25.         out=re.findall(r"%s.*?\$\$\$\$" %i,sdf,16)
  26.         print(out)
  27.         [f.write(r) for r in out]
  28.    
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