WHY

真的好神奇。
怀疑是文件清单结尾带有不可见字符，如：多余的空格、tab符、多余的回车符等。
试试用Notepad++、UltraEdit 等16进制文本编辑软件打开看看吧。
可以的话用附件发一个文件清单让大家测试。

WHY

文件列表是 Excel 文件，估计是转换成 txt 的时候出问题了。
以下脚本保存为 Test.bat，编码选 ANSI，与 哈希值校对.xlsx 存放在同一个目录，xlsx不需要转换成txt
右键单击 Test.bat，选择 "以管理员身份运行"。我测试没有问题。

@if(0)==(0) echo off
for /f "tokens=*" %%i in ('cscript //nologo //e:jscript "%~f0" "%~dp0哈希值校对.xlsx"') do (
    if exist "%%~fi" del /f /a /q "%%~fi"
)
pause & exit
@end

var objExcel = new ActiveXObject('Excel.Application');
objExcel.Visible = true;
//objExcel.DisplayAlerts = false;
var objBook  = objExcel.WorkBooks.Open(WSH.Arguments(0));
var objSheet = objBook.WorkSheets(1);
var rows = objSheet.UsedRange.Rows.Count + 1;       //sheet1 行数

for(var i=1; i<=rows; i++){
    var v2 = objSheet.Cells(i, 2).Value;            //第2列，文件路径
    var v5 = objSheet.Cells(i, 5).Value;            //第5列，校验结果
    if( v2 != null && v5 == '错误' ) WSH.Echo( v2 );
}

objBook.Close();
objExcel.Quit();
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